Le Centre de Gestion de l’Ain est administré par un conseil d’administration composé de représentants des collectivités affiliées (20 sièges pour les communes et 3 sièges pour les établissements publics) ainsi que des collectivités non affiliées adhérentes au socle commun de compétences (2 sièges pour le département, 2 sièges pour la Communauté d'Agglomération du bassin de Bourg en Bresse, 1 siège pour Bourg en Bresse et Oyonnax).

Le Conseil d’administration fixe le siège du Centre de Gestion et arrête son règlement intérieur.

Il définit les règles générales d’organisation et de fonctionnement du Centre. Il arrête les programmes généraux d’activités et d’investissements. Il vote le budget et approuve le compte financier. Il décide de toute action en justice.

Le conseil d’administration est compétent pour décider des emprunts, des acquisitions, échanges et aliénations de biens immobiliers ainsi que des prises et cessions de bail supérieur à trois ans, des marchés de travaux, de fournitures et de services, de l’acceptation ou du refus des dons et legs, de la fixation des effectifs du Centre, des conditions générales de leur recrutement, de leur emploi et de leur rémunération.

Le conseil d’administration approuve les conditions générales de tarification des prestations de service mentionnées aux articles 25 et 26 de la loi du 26 janvier 1984 et les projets de conventions pris en application de ces dispositions législatives. Il fixe le montant des cotisations dues par les collectivités et les établissements affiliés.

Le conseil d’administration désigne ses représentants dans les organismes où le Centre est représenté.